Eine Analfistel entsteht meist als Folge einer Entzündung im Bereich der so genannten Proktodealdrüsen. Diese Drüsen liegen am Übergang der Dickdarmschleimhaut zum Analkanal. Weil die Drüsen in das Darminnere münden, können Bakterien aus dem Darm in die Drüsen eindringen und dort eine Entzündung verursachen.
Liegt eine Entzündung einer Proktodealdrüse vor, kann es zu verstopften Ausführungsgängen kommen. Als Folge dieses Infektes bildet sich eitriges Sekret, das sich in Form eines Abszesses abkapseln kann. Ein solcher Abszess kann bis zur Hautoberfläche durchbrechen und im schlimmsten Fall auch in der Harnblase oder der Scheide Fisteln bilden.
Fisteln machen sich durch Schmerzen, Juckreiz und nässende Stellen im Analbereich bemerkbar. Außerdem kann es zu Schwellung und Rötung der Haut, Krankheitsgefühl und Fieber kommen. Äußerlich ähneln sie oft einem Pickel oder Furunkel. Manche Abszesse, vor allem solche, die sich über einen längeren Zeitraum ausgebildet haben, verursachen jedoch manchmal kaum Beschwerden, weshalb sie oftmals lange unentdeckt bleiben.
Analfisteln und -abszesse können auch als Folge einer entzündlichen Erkrankung des Darmtraktes wie etwa Morbus Crohn (chronische Entzündungserkrankung des Gastrointestinaltraktes), einer Divertikulitis (Entzündung der Divertikel des Colons), einer Colitis ulcerosa (chronische Darmentzündung) oder einer Kryptitis (Entzündungserkrankung des Enddarms) auftreten.
Auch können kleine Einrisse der Haut oder Schleimhaut im Bereich des Afters, sogenannte Analfissuren, Ursache für eine Fistelbildung sein, wenn sie sich entzünden. Solche Analfissuren machen sich durch Schmerzen und Blutungen beim Stuhlgang bemerkbar.