Kleinere, eher oberflächig gelegene Analkarzinome (bis zu fünf Zentimeter) können meist operativ entfernt – und dadurch oftmals auch geheilt. Bei größeren Tumoren ist eine Kombination aus Chemotherapie und Bestrahlung und ratsam, wobei nicht nur der Tumor an sich, sondern auch die Lymphknoten im Becken und in den Leistenregionen bestrahlt werden sollten.
Eine sogenannte intensitätsmodulierte Strahlentherapie ermöglicht es, den Tumor gezielter und intensiver zu bestrahlen ohne dadurch umliegendes Gewebe zu schädigen. Bei einer Chemotherapie kommen Zytostatika zum Einsatz, Medikamente also, die das Wachstum von Zellen unterbinden. Bei Zytostatika handelt es sich um Zellgifte, weshalb sie unter anderem auch auf die Bildung von Schleimhäuten und auf die Blutbildung wirken.
Weitere Nebenwirkungen können Beschwerden beim Wasserlassen und Durchfall sein und es kann zu Hautentzündungen im Analbereich kommen. In der Regel klingen diese Nebenwirkungen jedoch nach Ende der Behandlung wieder ab. Vielen Patienten mit Analkarzinomen bleibt dadurch jedoch die Anlage eines künstlichen Darmausgangs erspart.
Die Heilungschancen sind bei einem Analkarzinom sehr gut, vorausgesetzt, der Krebs wurde frühzeitig erkannt und hat noch keine Metastasen gebildet. Bei Patienten, die auf die oben beschrieben Weise behandelt werden, liegt die Fünf-Jahresüberlebensrate bei 90 Prozent. Ähnlich hoch sind die Heilungschancen bei Tumoren, die rein chirurgisch behandelt werden.